Nach der Ansteckung mit dem Ebola-Virus vergehen etwa zehn Tage. Diesen Zeitraum bezeichnet man als Inkubationszeit. Es ist die Zeit, in der die Viren sich im gesamten Körper durch den Blutkreislauf verteilen. Sobald diese Inkubationszeit vergangen ist, treten beim Patienten grippeähnliche Symptome auf. Dazu gehören hohes Fieber, Schüttelfrost, Kopfschmerzen, Müdigkeit, Gliederschmerzen und Augentränen. Außerdem wird von trockenem Husten und trockener Kehle, angeschwollener Nasenschleimhaut, Appetitlosigkeit, sowie von Übelkeit und Erbrechen berichtet. Meist folgen hämorrhagisches Fieber (hohes Fieber bis zu 40 Grad Celsius zusammen mit inneren Blutungen) und Leber- und Nierenfunktionsstörungen, was vor allem Vitamin-D Mangel, eine Harnvergiftung und starken Juckreiz zur Folge hat.
Durch die inneren Blutungen treten beim Patienten sehr häufig Ödeme auf. Dies ist eine Schwellung des Gewebes aufgrund einer Einlagerung von Flüssigkeit aus dem Gefäßsystem. Im Beispiel der Ebola-Infektion Blut. Im späteren Krankheitsverlauf der Ebola-Infektion treten außerdem blaue Flecke, verteilt über den ganzen Körper, auf (Eine weitere Folge der inneren Blutungen). Blutiger Stuhl (meist in Verbindung mit Durchfall) und Urin gehören zu den regelmäßigsten Erscheinungen des Krankheitsverlaufs. Es kann außerdem zu lebensbedrohlichen Schockzuständen, eine Folge der gestörten Blutzirkulation in den Kapillaren, kommen.
Zudem können eine Sauerstoffunterversorgung des Gewebes und in letzter Konsequenz Stoffwechselstörungen auftreten. Durch die verminderte Blutzirkulation kann das Gehirn oft nicht mit genügend Sauerstoff versorgt werden, welches zuerst Kreislaufzusammenbrüche, später aber auch Krämpfe und Lähmungserscheinungen zur Folge haben kann. Des Weiteren treten Blutungen in den Schleimhäuten auf, sodass bei vielen Fällen von dem Spucken von Blut berichtet wird.
Nach und nach verbreitet sich also die Infektion im gesamten Körper aus und zerstört allmählich die kapillaren Blutgefäße. So führen vor allem Blutungen in der Milz, dem Magen-Darm Trakt und der Lunge (ähnlich wie bei der Tuberkulose) zum Tod. Weltweit sind geschätzte 1800 Personen an dem Ebola-Virus gestorben. Die Sterblichkeitsrate liegt bei siebzig bis neunzig Prozent!