Der Krankheitsverlauf von Windpocken ist meist schubförmig, das heißt, dass die verschiedenen Stadien nebeneinander verlaufen. Die Windpocken brechen nach ca. 14-28 Tagen Inkubationszeit (d.h. Zeit zwischen Ansteckung und Ausbruch der Krankheit) aus. Die Infektiosität (Fähigkeit eines Erregers, einen Wirt zu infizieren) beginnt schon 1-2 Tage vor Ausbruch des Ausschlages und endet etwa 5-6 Tage nach Auftreten des letzten Bläschens.
Der Krankheitsverlauf beginnt mit Kopfschmerzen, Mattigkeit und eventuell mit leichtem Fieber. Es treten verstreut rote Flecken auf, die sich in der Regel zuerst am Rumpf bilden und sich dann auf das Gesicht ausbreiten. Die roten Flecken entwickeln sich nach kurzer Zeit zu Knötchen und dann zu den für Windpocken berühmten Bläschen. Dieser erste Teil des Krankheitsverlaufes dauert oftmals nur wenige Stunden.
Die mit wasserklarem Inhalt gefüllten Bläschen jucken sehr stark und können am ganzen Körper auftreten, nur die Handflächen und die Fußsohlen bleiben verschont. Auch im Genitalbereich können sie auftreten, was mit Schmerzen verbunden ist. In 10 % der Fälle bilden sich die Bläschen auch an der Mundschleimhaut, was ebenso sehr schmerzhaft ist. Außerdem ist es möglich, dass die Darmschleimhäute befallen werden, jenes wird durch Bauchschmerzen erkennbar. Wichtig ist, dass die Bläschen nicht aufgekratzt werden, ansonsten können sehr leicht Entzündungen entstehen, die dann Narben hinterlassen.
Nach einigen Tagen trübt sich der wässrige Inhalt in den Bläschen und sie trocknen aus. Es bilden sich Krusten, dort wo vorher die Bläschen waren, die noch weitere 1-2 Wochen sichtbar sein werden. Danach lösen sie sich von alleine ab. An diesen Stellen können helle Flecken zurückbleiben, die aber nach einiger Zeit verschwinden werden. Bei gesunden Menschen ist der Krankheitsverlauf meist unkompliziert und wenn die Erkrankung überstanden ist, der Betroffene in der Regel immun gegen den Varizella-Zoster-Virus.